Prof. Dr. Mustafa Şahin, 1961 yılında Konya’da doğmuştur. İlk ve orta öğrenimini Seydişehir’de tamamlamış, 1976–1980 yılları arasında İstanbul İmam Hatip Lisesi’nde öğrenim görmüştür. 1987 yılında Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi’nden mezun olmuş, 1993 yılında Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi’nde Genel Cerrahi ihtisasını tamamlamıştır.

1993–1994 yıllarında Artvin Şavşat Devlet Hastanesi’nde mecburi hizmetini yapmış, 1995–1996 yılları arasında Ankara Numune Hastanesi’nde başasistan olarak görev almıştır. 1996–2022 yılları arasında Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi’nde öğretim üyesi olarak görev yapmıştır.

1997 yılında Brüksel Bağımsız Üniversitesi’nde yoğun bakım ve karaciğer nakli alanında eğitim almış; 2002–2003 yıllarında Fransa Bordeaux’da Prof. Dr. J.L. Dulucq’ün kliniğinde bariatrik ve metabolik cerrahi üzerine çalışmalarda bulunmuştur. 2004 yılında Londra Hammer Smith Hastanesi’nde Prof. Dr. Nagy Habib ile birlikte hepatobilier cerrahide radyofrekans (RF) enerjisi kullanımı üzerine kısa süreli çalışmalar yapmıştır.

Prof. Dr. Şahin, Avrupa Cerrahi Araştırmalar Derneği ve Türk Cerrahi Derneği'nde başkan yardımcılığı görevlerinde bulunmuş; ayrıca Üniversitelerarası Kurul Eğitim Komisyonu Başkanlığı ve Sağlık Komisyonu üyelikleri gibi görevlerde yer almıştır.

2008–2011 yılları arasında Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nin kurucu başhekimliğini üstlenmiş ve hastaneyi hizmete açmıştır. 2011–2015 yılları arasında Selçuk Üniversitesi’nde rektör yardımcılığı yapmış, 2016–2020 yılları arasında ise Selçuk Üniversitesi Rektörü olarak görev almıştır. 2022 yılında üniversiteden emekli olmuş ve kamu görevinden ayrılmıştır.

Bir süre Konya’da özel bir hastanede görev yapan Prof. Dr. Mustafa Şahin, 1 Kasım 2023 tarihinden itibaren Büyük Anadolu Hastanesi’nde Genel Cerrahi Uzmanı ve Akademik Direktör olarak çalışmaktadır.

Tıp eğitiminin yanı sıra İstanbul Üniversitesi Sosyoloji Bölümü ile Anadolu Üniversitesi İlahiyat Ön Lisans Programı’ndan da mezun olmuştur. İngilizce ve Arapça bilmekte olan Prof. Dr. Şahin, evli ve üç çocuk babasıdır.