Prof. Dr. Erdoğan Çetinkaya, 1962 yılında Elazığ’da doğmuştur. İlk, orta ve lise öğrenimini Elazığ’da tamamlamış, 1987 yılında İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa Tıp Fakültesi’nden mezun olmuştur. 1987-1989 yılları arasında Kastamonu İhsangazi’de mecburi hizmetini tamamlamıştır. 1989 yılında Yedikule Göğüs Hastalıkları ve Göğüs Cerrahisi Merkezi’nde Göğüs Hastalıkları asistanı olarak göreve başlayan Prof. Dr. Çetinkaya, 1994 yılında uzmanlık eğitimini tamamlamıştır. Aynı yıl Elazığ Devlet Hastanesi’nde kısa süreli görev almış, ardından 1995’te Yedikule Göğüs Hastalıkları ve Göğüs Cerrahisi Merkezi’nde Başasistan olarak atanmıştır.
2005 yılında Göğüs Hastalıkları Doçenti unvanını almış, 2005-2009 yılları arasında Klinik Şef Yardımcılığı, 2008 yılından itibaren ise Klinik Şefi olarak görev yapmıştır. 2012 yılında Karabük Üniversitesi Tıp Fakültesi'nde Profesör kadrosuna atanarak, Göğüs Hastalıkları Anabilim Dalı Başkanlığı görevini yürütmüştür. Bu süreçte Yedikule Göğüs Hastalıkları ve Göğüs Cerrahisi Eğitim ve Araştırma Hastanesi’nde Eğitim Görevlisi olarak da çalışmıştır.
2017 yılında Sağlık Bilimleri Üniversitesi Yedikule Göğüs Hastalıkları ve Göğüs Cerrahisi Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezi’nde Profesör olarak görevlendirilmiş, aynı yıl Hamidiye Tıp Fakültesi Göğüs Hastalıkları Anabilim Dalı Başkanı olmuştur. 2 Temmuz 2019 tarihinde ise Sağlık Bilimleri Üniversitesi Hamidiye Tıp Fakültesi Dekanı olarak atanmıştır.
Akademik kariyeri boyunca ulusal ve uluslararası hakemli dergilerde çok sayıda bilimsel makale yayımlamış olan Prof. Dr. Çetinkaya’nın başlıca çalışma alanları girişimsel pulmonoloji ve interstisyel akciğer hastalıklarıdır. Ayrıca çeşitli bilimsel dergilerde editörlük ve danışma kurulu üyeliği görevlerinde bulunmuş, “Havayolu Stent” alanında ulusal patent sahibidir. Çok sayıda kurs ve eğitim programında eğitici olarak yer almıştır.