Dr. Mustafa Öncel, Konya Anadolu Lisesi’nden mezun olduktan sonra İstanbul Üniversitesi Tıp Fakültesi’ne dereceyle girmiş ve 1993 yılında mezun olmuştur. Genel cerrahi ihtisasını 1995-1999 yılları arasında Kartal Eğitim ve Araştırma Hastanesi’nde tamamlamıştır. 1999-2002 yılları arasında ABD’de Cleveland Clinic Kolorektal Cerrahi Bölümü’nde Araştırma Görevlisi olarak çalışmış ve 2002 yılında "En İyi Araştırma Görevlisi - Outstanding Research Fellow Award" ödülüne layık görülmüştür.

Ülkeye döndükten sonra daha önce ihtisas ve başasistanlık yaptığı Kartal Eğitim ve Araştırma Hastanesi’nde 2004 yılından itibaren klinik şefi, ardından eğitim ve idari sorumlu olarak görev yapmıştır. Aynı yıl doçent, 2009 yılında ise profesör unvanlarını kazanmıştır.

2007 yılında TC Sağlık Bakanlığı tarafından Onkolojik Cerrahi Uzmanı olarak yetkilendirilmiştir. Aynı yıl Avrupa Board sınavını (EBSQ-col) başarıyla geçerek Kolorektal Cerrah sertifikası almıştır.2012 yılında İstanbul Medipol Üniversitesi’nde Genel Cerrahi Anabilim Dalı Kurucu Başkanı olarak göreve başlamış ve halen bu görevini sürdürmektedir.

2005 yılından itibaren çalışma alanını kalın bağırsak hastalıkları, kanser ve minimal invaziv cerrahi konularına yönlendirmiştir. Uluslararası hakemli dergilerde 70’e yakın makalesi yayınlanmış, yurtiçi ve yurtdışında birçok kongrede bildiriler sunmuş ve bilimsel kitaplarda bölüm yazarı olarak yer almıştır.

2022 yılı itibarıyla H-indeksi 15 olan Dr. Öncel, 2002 yılından itibaren içinde bulunduğu Türk Kolon ve Rektum Cerrahisi Derneği’nin 2016-2022 yılları arasında yönetim kurulunda görev yapmıştır. Dernek bünyesinde kolorektal cerrahi bilgisinin yaygınlaştırılması adına birçok projeyi yürütmüştür.

Uluslararası ve Sivil Toplum Çalışmaları:
Birçok uluslararası bilimsel dernekte kurucu üye, ülke temsilcisi ve yetkili kurul üyesi olarak görev almış, akademik dergilerin yayın kurullarında yer almıştır. Afrika ve Asya'da sivil toplum örgütleri aracılığıyla eğitim ve hasta sağlığı hizmetlerinde bulunmuş, toplumsal sağlık katkıları nedeniyle çeşitli ödüllere layık görülmüştür.

Dr. Mustafa Öncel, şu anda İstanbul Medipol Üniversitesi Tıp Fakültesi Genel Cerrahi Anabilim Dalı Başkanı ve Kolorektal ve Onkolojik Cerrahi Grup Başkanı olarak çalışmalarına devam etmektedir.